                         SEQUENCE LISTING

<110>  AGENCE NATIONALE CHARGEE DE LA SECURITE SANITAIRE DE 
       L'ALIMENTATION, DE L'ENVIRONNEMENT ET DU TRAVAIL
       FACH, Patrick
       BUGAREL, Marie
       BEUTIN, Lothar
 
<120>  An assay for determining a molecular risk assessment of a complex
        polymicrobial sample suspected to contain an EHEC

<130>  F1159-6ex

<160>  84    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  29
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  stx1 for primer

<400>  1
tttgtyactg tsacagcwga agcyttacg                                         29


<210>  2
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  stx1 rev primer

<400>  2
ccccagttca rwgtragrtc macrtc                                            26


<210>  3
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  stx1 probe

<400>  3
ctggatgatc tcagtgggcg ttcttatgta a                                      31


<210>  4
<211>  29
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  stx2 for primer

<400>  4
tttgtyactg tsacagcwga agcyttacg                                         29


<210>  5
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  stx2 rev primer

<400>  5
ccccagttca rwgtragrtc macrtc                                            26


<210>  6
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  stx2 probe

<400>  6
tcgtcaggca ctgtctgaaa ctgctcc                                           27


<210>  7
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae for primer

<400>  7
cattgatcag gatttttctg gtgata                                            26


<210>  8
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae rev primer

<400>  8
ctcatgcgga aatagccgtt a                                                 21


<210>  9
<211>  29
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae probe

<400>  9
atagtctcgc cagtattcgc caccaatac                                         29


<210>  10
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  ehxA for primer

<400>  10
gtgtcagtag ggaagcgaac a                                                 21


<210>  11
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  ehxA rev primer

<400>  11
atcatgtttt ccgccaatg                                                    19


<210>  12
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  ehxA probe

<400>  12
cgtgattttg aattcagaac cggtgg                                            26


<210>  13
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  ent/espL2 for primer

<400>  13
tcctggatta ttttctgcat ttca                                              24


<210>  14
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  ent/espL2 rev primer

<400>  14
actattgcca agtacgccac aa                                                22


<210>  15
<211>  29
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  ent/espL2 probe

<400>  15
aatggtcatg cagacgcaat aaaggcata                                         29


<210>  16
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleB for primer

<400>  16
catgttgaag gctggaastt tgt                                               23


<210>  17
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleB rev primer

<400>  17
ccgctacagg gcgatatgtt                                                   20


<210>  18
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleB probe

<400>  18
acagagacgg gaaaaactgg atgcca                                            26


<210>  19
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleE for primer

<400>  19
agaagcgttt gaacctattt cca                                               23


<210>  20
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nle rev primer

<400>  20
ttgggcgttt tccggatat                                                    19


<210>  21
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleE probe

<400>  21
agccagtaca ccggaaggaa gctgg                                             25


<210>  22
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleF for primer

<400>  22
tgaggtgaga aatgaaaata ctgatg                                            26


<210>  23
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleF rev primer

<400>  23
ctatccctgt cctctatcgt cattc                                             25


<210>  24
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleF probe

<400>  24
tgtcggagcg ctgagggcg                                                    19


<210>  25
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleH1-2 for primer

<400>  25
acaagagaaa gtcatagtgg ttg                                               23


<210>  26
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleH1-2 rev primer

<400>  26
aatctcyccc ttaggccatc cca                                               23


<210>  27
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleH1-2 rev probe

<400>  27
tttactaatc tgttgcacag g                                                 21


<210>  28
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleA for primer

<400>  28
agataacyct aatactaaat atgcc                                             25


<210>  29
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleA rev primer

<400>  29
gcccaaccat tgcrccgata tgagg                                             25


<210>  30
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleA probe

<400>  30
ttcttaccaa tgctgccgca aatgcgc                                           27


<210>  31
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  rfbE (O157) f

<400>  31
tttcacacrr arrggatggt ctcaa                                             25


<210>  32
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  rfbE (O157) r

<400>  32
cgatgagttt atctgcaagg tgat                                              24


<210>  33
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  rfbE (O157) probe

<400>  33
aggaccgcag aggaaagaga ggaattaagg                                        30


<210>  34
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wbdl (O111) f

<400>  34
cgaggcaaca cattatatag tgcttt                                            26


<210>  35
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wbdl (O111) r

<400>  35
tttttgaata gttatgaaca tcttgtttag c                                      31


<210>  36
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wbdl (O111) probe

<400>  36
ttgaatctcc cagatgatca acatcgtgaa                                        30


<210>  37
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzw (O26) f

<400>  37
cgcgacggca gcgaaaatt                                                    19


<210>  38
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzw (O26) r

<400>  38
agcaggcttt tatattctcc aacttt                                            26


<210>  39
<211>  33
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzw (O26) probe

<400>  39
ccccgttaaa tcaatactat ttcacgaggt tga                                    33


<210>  40
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Ihp1 (O145) f

<400>  40
cgataatatt taccccacca gtacag                                            26


<210>  41
<211>  15
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Ihp1 (O145) r

<400>  41
gccgccgcaa tgctt                                                        15


<210>  42
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Ihp1 (O145) probe

<400>  42
ccgccattca gaatgcacac aatatcg                                           27


<210>  43
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzx (O103) f

<400>  43
caaggtgatt acgaaaatgc atgt                                              24


<210>  44
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzx (O103) r

<400>  44
gaaaaaagca cccccgtact tat                                               23


<210>  45
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzx (O103) probe

<400>  45
catagcctgt tgttttat                                                     18


<210>  46
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae  alpha f

<400>  46
gatacgaatg gctatgccaa ag                                                22


<210>  47
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae  alpha r

<400>  47
catcgctaac acgggcacta                                                   20


<210>  48
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae  alpha probe

<400>  48
aacatcgaca actccaggaa aatcactcgt                                        30


<210>  49
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae beta f

<400>  49
ggtgataatc agagtgcgac ataca                                             25


<210>  50
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae beta r

<400>  50
ggcatcaaaa tacgtaactc gagtat                                            26


<210>  51
<211>  29
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae beta probe

<400>  51
ccacagcaat tacaatacta cccggtgca                                         29


<210>  52
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae gamma f

<400>  52
gactgttagt gcgacagtca gtga                                              24


<210>  53
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae gamma r

<400>  53
ttgttgtcaa ttttcagttc atcaaa                                            26


<210>  54
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae gamma probe

<400>  54
tgacctcagt cgctttaacc tcagcc                                            26


<210>  55
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae delta f

<400>  55
cattatccgg tgaagaagtg acttt                                             25


<210>  56
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae delta r

<400>  56
cataaccact ctgatcggtc gtta                                              24


<210>  57
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae delta probe

<400>  57
ctttagtttt atccaatgcc ccaaaatccg                                        30


<210>  58
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae epsilon f

<400>  58
atacccaaat tgtgaaaacg gata                                              24


<210>  59
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae epsilon r

<400>  59
cactaacaac agcattacct gcaa                                              24


<210>  60
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae epsilon probe

<400>  60
ccagatgtca gttttaccgt agccctacca                                        30


<210>  61
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae zetha f

<400>  61
gatgtcaaag cacctgaagt tgaa                                              24


<210>  62
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae zetha r

<400>  62
ccctttgatt ccagttccta caa                                               23


<210>  63
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae zetha probe

<400>  63
tcttcacccc acttgctatt gatgacgg                                          28


<210>  64
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae theta f

<400>  64
tgttaaagca cctgaggtta catttt                                            26


<210>  65
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>   eae theta r

<400>  65
tcaccagtaa cgttcttacc aagaa                                             25


<210>  66
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  eae theta probe

<400>  66
tcaaccttgt tgtcaatttt cagtccatca                                        30


<210>  67
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzx (O121) f

<400>  67
tggtctctta gacttagggc                                                   20


<210>  68
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzx (O121)

<400>  68
ttagcaattt tctgtagtcc agc                                               23


<210>  69
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzx (O121) probe

<400>  69
tccaacaatt ggtcgtgaaa cagctcg                                           27


<210>  70
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzy (O118) f

<400>  70
atatttgcac gatttacaga tgt                                               23


<210>  71
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzy (O118) r

<400>  71
aaaatatgaa gcaaaataac agcc                                              24


<210>  72
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzy (O118) probe

<400>  72
atattattga taccagtaat acttaaaatc tcttcc                                 36


<210>  73
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzx (O45) f

<400>  73
tacgtctggc tgcaggg                                                      17


<210>  74
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzx (O45) r

<400>  74
acttgcagca aaaaatcccc                                                   20


<210>  75
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wzx (O45) probe

<400>  75
ttcgttgcgt tgtgcatggt ggc                                               23


<210>  76
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wbgN (O55) f

<400>  76
tgtaattcga tgcaccaatt cag                                               23


<210>  77
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wbgN (O55) r

<400>  77
cgcttcgacg ttcgatacat aa                                                22


<210>  78
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  wbgN (O55) probe

<400>  78
tccgtgcata tacgccgcgg a                                                 21


<210>  79
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleB-2 f

<400>  79
tatyctctgg aacctattga tgaaaa                                            26


<210>  80
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleB-2 r

<400>  80
cctttttcgt atcgctctgg cc                                                22


<210>  81
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  nleB-2 taq

<400>  81
ttgcttcaaa ccactgaaaa agaatagggg                                        30


<210>  82
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  espK f

<400>  82
attgtaactg atgttatttc gtttgg                                            26


<210>  83
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  espK r

<400>  83
grcatcaaaa gcgaaatcac acc                                               23


<210>  84
<211>  39
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  espK probe

<400>  84
cagatactca atatcacaat ctttgatata taaacgacc                              39


