                         SEQUENCE LISTING

<110>  INSTITUT PASTEUR
       UNIVERSITE PARIS DIDEROT - PARIS 7
       ASSISTANCE PUBLIQUE - HOPITAUX DE PARIS
 
<120>  Means for diagnosing, predicting or monitoring Pneumocystis 
       pneumonia

<130>  B11232A - FP

<150>  EP15305562
<151>  2015-04-15

<160>  60    

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  2704
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  1
aaaggggtta ttaaggataa ctagctaata tatttaagga ggtgtcgaat ccaaaatcat       60

tattctaaag atgtaataat gtaaatccga gagggaaacc tcaatactaa ttacgaagtg      120

aaatgaaaca tcttagtaac tttaggaaaa gaaatcaacc gagattttat gagtagtggt      180

gagcgaaagt aaattagcca agtatttata taatagatta aatataatta attacaaaaa      240

ttaattgtag tcttcgaatg aaagatcaat ctcctctttt aaaagttgga atgctttagc      300

caaggatggt gaaagcccag agtcccagga atataaatac aaaataagta gaacgagaga      360

taacttgttt gaatacagat aatatttatg tagtaatgta tggaacaatt caactttata      420

ctaattacac ataagattat taggggaact atcctctaag gctaaatata atatattaag      480

cgatagtgaa gagtaccgtg agggaaagtt gaaaagaata taagtgaaac agatcttgaa      540

ttaataacct tataagcagt cggaggtcca aagactgacg acgtaccttt tgcataatgg      600

gtcagcaagt taatatgcaa tgcaagtcgc aagacctaat gaagatgatt ctgaacaggg      660

atataaagta ttgtgtatta gacccgaaat ctagtgatct tactatgatc agacaacttc      720

aggtcgaact ggtgtacgtc gcaaagtact cagaagaatt gtggtaagta gtgaaataca      780

aatcggacta ggatatagct ggttttctgc gaaaattgtt ttggcaaatt gtttattcct      840

ctaaaaaata gtaggtatag cactgaatat ctcgagggag tatgaaaata tttatctcag      900

atatttaatc tcaaaataac tatttcttaa aataaataat cagactatgt gcgataaggt      960

agatagtcga aagggaaaca gcccagaaca gtaattaaag ctccccaatt aatattaagt     1020

gaaataaaag ttgttggata tctaaaacag ttaagaagtg ggcttggaaa cagccatctt     1080

ttaaagaaca cgtaaaagtg caatgatcta tgatctccag cgctgaaaat atccggatct     1140

aaatattatg ctgaaagact gtttattttt cttttaatta actgtaattt aattaaaaaa     1200

aataaggtag cagaacattt agtaaatgtg tgaagaatag tattttatta ttcggacata     1260

actaaagaga gaatgctgac atgagtaacg ttaaaatagg tgaaaatcct attcgccgaa     1320

aatggaaggt ttttatagtt ccgcttaact actataaatc agatcggtct ctaacagtaa     1380

ttcgaatgaa taatggatga gaaacatata taaaaatcgt aagattcagg aaaaattata     1440

tgtaataacc gtactaaaac cgacacaggt ccatgaatat taatgtatac aggcgaatga     1500

gagaattatt gcgaaggaac tcggcaaatg aatttcgtaa tttcgagata agaaatacca     1560

atggtgtcaa taatgaggtt gtacaactgt ttacttaaaa cacagtactt tgcaaagatt     1620

aaaaatcatt gtataaagta tgaaatctgc ccaatgctaa atgataaaat ctatggcttc     1680

aatggctgtg ggtataatgt ttagtgaatg gcggccttaa ctataagggt cctaaggtag     1740

cgaatttcct tggccgttaa atgcggtccc gcacgaatga tttaatgata caacaactgt     1800

ctccgcaata aactcagtga aattggatta gccgtgaaga tacggtttgt atatagatag     1860

acgggaagac cctatgcagc ttaactgttg ttctttattg tttttttaaa ttctcttctg     1920

tagtgctaaa aggtagtcga tgagatgtca gtgaaaaacc tttgtggaaa tttaaaataa     1980

ctaacttact taattaagaa cagtgaagat tagacagttt ctgtggggcg cagatctcaa     2040

aaattgtatc tgagatgccc aaaggcatgg tgaaattgga tggtaaccaa tgaatgtaca     2100

tttgtatatc tagtggtctt taattactag atgatgtttt atttaataaa gtgtaatggc     2160

ataactcatg cttaacagta agactaacaa gtcaaactga catgtaagtg gggcataatg     2220

accctcgttt acattatgga ttggaacgag agtaacgaat aaaagctacg ctagggataa     2280

cagggttatt tcgtgtgaga gatcgtattg accacgaagt ttgccacctc gatgtcgact     2340

caacctatcc tccaggagta gaatattgga agggttcggc tgttcgccga ttaaaaggtt     2400

acgtgagttg ggttaaaaac gttgtgaaac agtttggttc ctatcttcta tatattttaa     2460

aagttaatgg agaatttact ctttgtacgc aaggatcaga tgtattttaa cctctggttt     2520

gtctgttgtt tgtcgcatcg cagatacgct atgttgatac ggaataaata ttgaaagcat     2580

attaaatatg aagtcctact ccataaactt tcttgcgttg tagactacga cgtagatagg     2640

ctttatctgt aagaatagta atgttttaag gtataaagta ctaatttttt tttgactgaa     2700

ttat                                                                  2704


<210>  2
<211>  1438
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  2
taagataatt cacaaaagaa agagtttaat gttagctccg aatcaacgct atctagaggc       60

attacacatg caaatcgtac gtttaaagtg gtgaacaggt gagtaaagat agaaatctac      120

ctattcataa ggttagatac cttttaaaag aacaattgtt tgtgaataga tgagtctaag      180

tgggggaggt agttgtgagg tgaagatcct cccaagccta agaaccctag ttatatttga      240

aagaatgaat aaccacattg gctctgaaac aacagccaag attttcatcc aagaaagtcc      300

agcagtgggg aatattggtc aatgatcgaa agattgaacc agctatctag aagaatttgt      360

attctgttat tagagaggat tatgacgtta tctaattaaa gtctcgacca attctcgtgc      420

cagcagtcgc ggtaagacga gtgaggctag cgttattcat aattattagg tctaaagggt      480

acgtagatgg ttaacttatc tgttatttat gtgtgaagga attagtattc taattcgttt      540

tattagtatt ctaatttttt taatagaaca taaaagaatt ggataaattg attaactaga      600

gtcgaataga agaataaaga attttaagag tagagatgaa attcaacgat acttaaagga      660

ctgccaatgg cgaaagcatt attctaggta acgactgaca ttgaggtacg taggcataag      720

tagcgaaaag gattagatac ccttgtagtt tatgctgtaa acgatgaatg ctagaggtca      780

gaatttattt atttttggtc tttaagtgaa gattttaagc attccacctg agaagtactg      840

tcgcaagact gaaactcaaa acattagacg gtcacagaga tcagcagtga agcatgttgt      900

ttaattcgat aacccacgat aaatcttacc acttcttgca tattttccta ttcggaattt      960

acaggtgttg catggctgtc tttagttcgt gttgtgaaat gttaggttta ttccgataac     1020

gaacgtaaac cttgtcctta attattttaa ggaaatgtct atcgatatta tagatgaatg     1080

aggatgaaga caagtcctca tgacccttat gaagtgggct acagacgtgc tgcaaaattt     1140

tctacaatgg gatgcaatga tggaagtcgg agctaatccc ctaaaagatt gtttagtccg     1200

gataagtgcc tggaactcgg ctctttgaag ttggaattgc tagtaatcgt ctatcatcat     1260

gagacggtga atcttttatc tgtgatgtac taactactcg tcaagcgcgg aaatttttta     1320

agaaattcaa gttcttacgt ccatttcttg gagatctgtg ctaagtcgaa ataaggtagc     1380

tgtaggggaa ccctgtagct gaataatttg tgttgtttaa atccccccca tccttgtg       1438


<210>  3
<211>  1038
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  3
tatttatgga attatggttc attatcagga ctgtgtttaa ttatacagat tattacgggt       60

gtgactttag ctatgcatta tataccttcg attgatttag ctttcttgag tgttgaacat      120

attatgtgag atgtaaatta tggttggttg attcgttata ttcatagtaa tacggcttct      180

tttttctttc tgtttgttta tattcatatt gcttgaggta tctattatgg atcttatcga      240

actcccagaa ttctcgtttg gtctattggt gtagttatct tcttaattat gattgttact      300

gctttcttgg gatatgttct gccttttggt caaatgtcat tgtggggagc gactgttatt      360

actaatttga tgtctgctat accttggatt ggtaatgata ttgtgaattt tatttggggt      420

gggttctctg ttaatcatgc tactctgaat tgattcttct ctttacatta tttattgcct      480

tttgttttat tggctttagt tgttgctcat ttaatctctt tacatgttca tggaagtagt      540

aatcctctgg gtgttactgg taattcagat cgtctgcctt tccatcccta tttctcattt      600

aaagatttag ttactgtttt tttattttta ttagctttat ctttctttgt gttttatgct      660

cctaatgtct tgggacatag tgataattat attatggcta atcctatggc tactcctcca      720

agtattgttc ctgaatggta tcttttacct ttctatgcaa tcttgtgatc tatttcgaat      780

aaattatttg gagttgtggc tatgttagct gctattctta ttctttttgt tttacctctt      840

gtggatttat cttgaatttg aggttctgct tttagacctc ttagtaaatt ctttttttgg      900

atctttgtca ctaatttctt cttgttaatg tttgtgggtt cacaacatgt tgaagaacct      960

tttgtgacgc ttggacaata tgctacattc ttctatttct tctatttctt agttgttatt     1020

cctctggtgg gtattatt                                                   1038


<210>  4
<211>  1437
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  4
ggcgcctctt tttggagcac cattagcggt gaacacggtc ttgatagcac tggcctgtaa       60

gcaatattgt aatactgcag tgtgtttgca gaggtgatta gaaatgccta taaggcagca      120

aaaaggcatt gaaaagactc caaagaagta taaagatgct ctgcaaacaa tctaaaaaca      180

tgcagtaata ctgcatgttt gcagtacttt ttttccaaaa cttatatttt tcagctatca      240

tggaacctct gatctccaac tcgaacggat gaatgtttat ttcaacgagg tttctacgga      300

aaaatgttta tagaatgtca gacatttatt ttaataggca tctggtggga aatacgtgcc      360

tcgtgcagta ctggttgatt tagagcccgg tacaatggat gcagtacgtt ctgggccatt      420

tgggaacctg tttcgaccag ataattttat ttttggtcaa tcaggtgcag gaaataactg      480

ggcaaaaggg cattatacag agggagcgga attggtagat actgtgttag atgtagttcg      540

tcgggaagcc gaagcatgtg attgcttgca aggattccag attacacatt cattaggtgg      600

tggaacgggt gcaggcatgg gaactttgct aatttcgaaa attcgagagg aatatccgga      660

tcggatgatg gcaacgtttt cagtggttcc ctcaccaaaa gtttccgata cagttgtaga      720

gccatataat gcaacattat cagtgcatgt gtgtttttaa gccattttta gaatgtatat      780

taatgaggag gggtagcaat tagttgaaaa ttccgatgaa acattctgta tcgacaatga      840

agcattatat gatatttgta tgcgtacatt aaaattgccg gatccaggat atggtgattt      900

gaatcatctt gtctcggcag taatgagtgg tattacaact tgtcttcgat ttcctggaca      960

actcaactcg gatttgcgta aattggccgt taatatggtg ccgtttcctc gtttgcactt     1020

tttcatggtt gggtttgctc cattaacaag cagtaagatg ctttaaacgt attctgaaat     1080

ggctgattgt tattctgtct agagggatca cattcatttc ggtcattgac agttcctgaa     1140

ttgactcagc aaatgtttga tgcaaagaat atgatggcag catcggatcc gagacatggt     1200

cgctatttaa ctgttgcagc gattttccgc ggtactgttt ccatgaagga ggttgaagat     1260

caaatgcata atgttcagca gaagaactct tcatattttg ttgaatggat tccaaacaat     1320

gtgcaaaccg cgctatgttc tattccacca cgtggtctca aaatgtcatc aacgtttatt     1380

ggcaattcaa catctattca ggaactattt aaacgtgtag gcgaccaatt tgctgca        1437


<210>  5
<211>  977
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  5
gacggaaatt cggggatcca gaagtgcaat cagatatgaa acattggcct tttaaagtta       60

tagacaaagg tcagaagcct tatattcagg ttgaatataa aggggatatt aaaacattta      120

cgccggagga gatttcatca atggtcctta caaaaatgaa ggaggtggca gaagcgtatc      180

ttgggactaa agtttccaat gccgttatca cggtcccagc atatttcaat gattcacagc      240

gacaggctac gaaagacgca ggattgattg caggattgaa tgttttacgt attatcaatg      300

aacctacagc agcagccatt gcatatggtc tagataagaa gacatcaaat gaaaagaatg      360

tgcttatttt tgatcttgga ggaggaactt ttgacgtatc gttattaact atcgaagagg      420

gaatttttga agtcaaagca accgcaggcg atacccattt gggaggagaa gattttgaca      480

atcgtcttgt aaaccacttc attgctgaac gcaaacacaa gaaagatctt tcagggaatg      540

cacgatctct tcgtcggctt cgaacagcat gtgagcgtgc taaacggact ctttcatcat      600

caacacagac gagtatagaa attgattcct tatttgaagg aattgattta tatacttcta      660

ttactcgtgc tcgatttgaa gaactttgtc aaggtctttt taggggaaca atggaaccag      720

ttgagaaagt tcttcgtgat tctaaaattg ataaatcaag tgttcatgaa attgtattgg      780

ttggtggttc tacgcgtatt ccgcgtattc agaaattggt ttgtgatttt tttaatggaa      840

aagagccaaa tagaacgatc aatccagatg aggctgttgc ctatggtgcg gcagttcaag      900

ttgctattct ttcaggagac acatcggaac aaactcaaga catactcttg cttgatgtgg      960

cgcctctctc aatgggt                                                     977


<210>  6
<211>  1581
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  6
atgacatgat ggttgttttc aacaaatgct aaggatatcg gagtcttgta cttgatcttt       60

gcactttttt ctggaatgtt gggtacagca tattcagtat tattgagaat ggaattaact      120

tccccaggtg ttcagtattt acagggtgat aatcaattgt ataatgtaat tttaacgagt      180

catgcgttgt taatgatatt ctttatggtt atgcccggaa tggtaggagg ttttggtaat      240

tggttggttc cagtaatgat tggagcacca gatatggcct ttccaagatt aaataatatc      300

tccttctggt tgttaccgcc ttctctgatt ctgttaattg cttcttctct tctagaaggt      360

ggaagtggta caggttggac tttttatcca cctttgtcca gtttacaaag tcattcctca      420

ggtgctgtcg atttgtctat ctttagtcta catttagcag gtattagttc tatgttggga      480

gctattaatt ttattactac tgttcttaat acttgagctc ccggtatgac tatgcataaa      540

attccattgt ttgtatggtc tatctttgtt actgctatac tgttgttatt gtccttgcca      600

gtcttagcag gaggtattac tatgctcttg acggattgaa attttaatac ttccttctat      660

gatgtcgcag gaggagggga tcctatcctt tatcaacatc tcttctggtt cttcggacat      720

ccagaagttt atattctgat tattccagga tttggtatca ttagtcatat tatttccact      780

ttctctggaa aaccagtatt cggttattta ggtatggttt atgctatgtt gtcaattggt      840

gtcttaggat ttattgtctg gagtcatcat atgtattcag tgggtttaga tgttgataca      900

tgagcttatt ttactgctgc tactatgatt attggtgtac ctactggtat taaaatcttc      960

tcttggattg ctactatgta tggtggtgtg attcgattta atacacctat gctctttgct     1020

atcggattcc ttttcctttt tactgtggga ggattaacgg gtattgtctt gtctaatgct     1080

tctttagatg tggctttaca tgatacttat tatgttgtag ctcatttcca ttatgtttta     1140

tccatgggtg cagtctttgc tctcttagca gcttggtatt tctggtctcc aaaaatttta     1200

ggattgttct ttgatgaaaa attagggcat ttgcatttct ggactctttt tattggagtg     1260

aatttaactt ttatgcctat gcatttcttg ggattacagg gtatgcccag atgaattcct     1320

gattatcctg atgcttttgc tcagtggaat catatctcaa gtttaggtag tttgatttct     1380

gttgttgcta ctgttgtttt tatttattct atttttgatc aattgatctc taaatgattg     1440

gtaccgatga atccttggta ttctcctgat ttctttgtta gtcatacgaa tttagaggat     1500

tccaaagctt gttccttaga atgggcattg atttcaccac cagctttcca tgcttatact     1560

agtttaccta aacaagctta a                                               1581


<210>  7
<211>  1002
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  7
atgttaaatt gtattcaagt gggtattgtt ttattacctg ttttgttaag tgtagctttt       60

gtgacattag ctgaacgtaa agttatggga tcgattcaac gacgtgtggg tcctaatgtt      120

gtgggttatt atggtttgtt acaacctgta gctgatgctt taaaattatt attaaaagaa      180

actattattc ctatccattc gaataaagtg ttgttcttct taggaccttc tattgcatta      240

gtctttgctt taatgggttg gggtattatt ccatggaatt caggtataac actttgggat      300

tttgatttag gtattttatt tagtttagct atttcttctt taggtgtgta tggtatttta      360

attgggggtt gggcttctaa ttccaaatat gctttattag gttccttgtg aagtactgct      420

caattaatta gttatgaatt agttttaact tcgattgttt ttgttgttgt tcttttatct      480

ggttctttta attttactca cattattgaa gaacaaaaag ctatttggtt tgttttgcct      540

ttatttcctc tgtttatttt gttctttatt ggtgctttag cagaaacgaa ttgagctcct      600

tttgatttgc cagaagctga atccgaatta gttgctgggt ttatgactga gtattctgct      660

gcgatctttg ttttcttctt cctagctgaa tatgctaata ttattcttat ctctactcta      720

gctgctattt tcttcttagg aggttattta ttacctttcg agttgcattt cttgcctaat      780

ggtttagatg ttctcgttca gggattactt tctggtttga ttttaggttt gaaagttgct      840

gggattattt tcctctttgt ttgggtttga tctagcttcc ctagaatttg atatgatcaa      900

ttgttagttc tatgttggac tgttctgtta cctttgcttt ttgcttggat ttttctggtt      960

ttagctattc ttttttcttt taattctttt attcatttct ag                        1002


<210>  8
<211>  225
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  8
atgttacaag cagctaaagt tattggttca gggttagcta caattggatt agcaggggct       60

ggtatcggta tcggtttagt tttcggtaat ttattagtag cgacaagtcg aaatccttca      120

ttgaaaggac aactcttctc ttatgctatc ttgggatttg ctctagcaga agctactggt      180

cttttctgtt tgatgatggc tttccttctg ctatatgcag cttaa                      225


<210>  9
<211>  121
<212>  RNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  9
cacugaauau cucgagggag uaugaaaaua uuuaucucag auauuuaauc ucaaaauaac       60

uauuucuuaa aauaaauaau cagacuaugu gcgauaaggu agauagucga aagggaaaca      120

g                                                                      121


<210>  10
<211>  121
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  10
cactgaatat ctcgagggag tatgaaaata tttatctcag atatttaatc tcaaaataac       60

tatttcttaa aataaataat cagactatgt gcgataaggt agatagtcga aagggaaaca      120

g                                                                      121


<210>  11
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  11
cactgaatat ctcgagggag tatgaa                                            26


<210>  12
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  12
ctgtttccct ttcgactatc tacctt                                            26


<210>  13
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  13
tcgcacatag tctgattat                                                    19


<210>  14
<211>  82
<212>  RNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  14
gcaaugaugg aagucggagc uaauccccua aaagauuguu uaguccggau aagugccugg       60

aacucggcuc uuugaaguug ga                                                82


<210>  15
<211>  82
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  15
gcaatgatgg aagtcggagc taatccccta aaagattgtt tagtccggat aagtgcctgg       60

aactcggctc tttgaagttg ga                                                82


<210>  16
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  16
gcaatgatgg aagtcggagc                                                   20


<210>  17
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  17
tccaacttca aagagccgag t                                                 21


<210>  18
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  18
tgtttagtcc ggataagtgc ctgga                                             25


<210>  19
<211>  92
<212>  RNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  19
ggaugcaaug auggaagucg gagcuaaucc ccuaaaagau uguuuagucc ggauaagugc       60

cuggaacucg gcucuuugaa guuggaauug cu                                     92


<210>  20
<211>  92
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  20
ggatgcaatg atggaagtcg gagctaatcc cctaaaagat tgtttagtcc ggataagtgc       60

ctggaactcg gctctttgaa gttggaattg ct                                     92


<210>  21
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  21
ggatgcaatg atggaagtcg ga                                                22


<210>  22
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  22
agcaattcca acttcaaaga gcc                                               23


<210>  23
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  23
tgtttagtcc ggataagtgc ctggaac                                           27


<210>  24
<211>  76
<212>  RNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  24
ucaugacccu uaugaagugg gcuacagacg ugcugcaaaa uuuucuacaa ugggaugcaa       60

ugauggaagu cggagc                                                       76


<210>  25
<211>  76
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  25
tcatgaccct tatgaagtgg gctacagacg tgctgcaaaa ttttctacaa tgggatgcaa       60

tgatggaagt cggagc                                                       76


<210>  26
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  26
tcatgaccct tatgaagtgg gc                                                22


<210>  27
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  27
gctccgactt ccatcattgc                                                   20


<210>  28
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  28
acgtgctgca aaattttcta caatggg                                           27


<210>  29
<211>  105
<212>  RNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  29
cucccagaau ucucguuugg ucuauuggug uaguuaucuu cuuaauuaug auuguuacug       60

cuuucuuggg auauguucug ccuuuugguc aaaugucauu guggg                      105


<210>  30
<211>  105
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  30
ctcccagaat tctcgtttgg tctattggtg tagttatctt cttaattatg attgttactg       60

ctttcttggg atatgttctg ccttttggtc aaatgtcatt gtggg                      105


<210>  31
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  31
ctcccagaat tctcgtttgg                                                   20


<210>  32
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  32
cccacaatga catttgacca                                                   20


<210>  33
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  33
ctttcttggg atatgttctg cc                                                22


<210>  34
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  34
ccattaacaa gcaagggatc ac                                                22


<210>  35
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  35
cgatgctgcc atcatattct t                                                 21


<210>  36
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  36
tcggtcattg acagttcctg aa                                                22


<210>  37
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  37
ggagatttca tcaatggtcc tt                                                22


<210>  38
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  38
cggcattgga aactttagtc c                                                 21


<210>  39
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  39
aaggaggtgg cagaagcgta                                                   20


<210>  40
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  40
aggttttggt aattggttgg ttcc                                              24


<210>  41
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  41
agaaggcggt aacaaccaga a                                                 21


<210>  42
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  42
tggagcacca gatatggcct ttccaaga                                          28


<210>  43
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  43
agcagaaacg aattgagctc ct                                                22


<210>  44
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  44
tcgcagcaga atactcagtc at                                                22


<210>  45
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  45
tgccagaagc tgaatccgaa ttagttgc                                          28


<210>  46
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  46
ggttcagggt tagctacaat tgga                                              24


<210>  47
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  47
aaggatttcg acttgtcgct act                                               23


<210>  48
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii

<400>  48
gcaggggctg gtatcggtat cggtttag                                          28


<210>  49
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  49
tcgttacacc aagaaagtac ccc                                               23


<210>  50
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  50
tgctgcccac ttttcctagg                                                   20


<210>  51
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  51
agtgtcaact ccaactcttg tagaggt                                           27


<210>  52
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  52
tggcgtgtga agataaccca                                                   20


<210>  53
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  53
cgctggaact cgtctcacta                                                   20


<210>  54
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  54
tgctgagaag agtgtgctgg agatgc                                            26


<210>  55
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  55
atctttgcag tgacccagca                                                   20


<210>  56
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  56
gagcatctcc agcacactct                                                   20


<210>  57
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Homo sapiens

<400>  57
gagcatctcc agcacactct                                                   20


<210>  58
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  LNA-T

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (7)..(7)
<223>  LNA-T

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (11)..(11)
<223>  LNA-A

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (16)..(16)
<223>  LNA-T

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (20)..(20)
<223>  LNA-G

<400>  58
ctttcttggg atatgttctg cc                                                22


<210>  59
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Pneumocystis jirovecii


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (3)..(3)
<223>  LNA-C

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (7)..(7)
<223>  LNA-A

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (12)..(12)
<223>  LNA-T

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (16)..(16)
<223>  LNA-A

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (20)..(20)
<223>  LNA-A

<400>  59
ggcagaacat atcccaagaa ag                                                22


<210>  60
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence

<220>
<223>  P. jirovecii degenerate primer

<400>  60
ctcccagaat tctmgtttgg                                                   20


