                         SEQUENCE LISTING

<110>  The Johns Hopkins University
 
<120>  METHODS AND MATERIALS FOR ASSESSING NUCLEIC ACIDS

<130>  44807-0341WO1

<140>  PCT/US2021/017937
<141>  2021-02-12

<150>  62/977,066
<151>  2020-02-14

<160>  117   

<170>  PatentIn version 3.5

<210>  1
<211>  59
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  3 adapter oligonucleotide having a 5 phosphate and a molecular barcode


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (57)..(58)
<223>  Residues 57-58 are connected by a phosphorothioate bond

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (58)..(59)
<223>  Residues 58-59 are connected by a phosphorothioate bond

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (14)..(27)
<223>  Residues 14-27 are a molecular barcode


<400>  1
ataaaacgac ggcnnnnnnn nnnnnnnaga tcggaagagc acacgtctga actccagtc        59


<210>  2
<211>  14
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Molecular barcode


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (1)..(14)
<223>  n is a, c, g, or t

<400>  2
nnnnnnnnnn nnnn                                                         14


<210>  3
<211>  13
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  3 adapter oligonucleotide having a blocked 3 group

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (13)..(13)
<223>  residue 13 is a 3'-deoxythymidine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (5)..(5)
<223>  U at residues 5, 8, 9, 10, 11 is a deoxyuridine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (8)..(8)
<223>  U at residues 5, 8, 9, 10, 11 is a deoxyuridine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (9)..(9)
<223>  U at residues 5, 8, 9, 10, 11 is a deoxyuridine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (10)..(10)
<223>  U at residues 5, 8, 9, 10, 11 is a deoxyuridine

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (11)..(11)
<223>  U at residues 5, 8, 9, 10, 11 is a deoxyuridine


<400>  3
gccgucguuu uat                                                          13


<210>  4
<211>  33
<212>  DNA
<213>  artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  4
acactctttc cctacacgac gctcttccga tct                                    33


<210>  5
<211>  32
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  5
gactggagtt cagacgtgtg ctcttccgat ct                                     32


<210>  6
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  6
tgcgtggctc tcaccac                                                      17


<210>  7
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  7
cacccgcacg tctgtag                                                      17


<210>  8
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  8
acaggatctt cagctgacct                                                   20


<210>  9
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  9
cttcagctga cctagttcca a                                                 21


<210>  10
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  10
cctggctctg accattctgt t                                                 21


<210>  11
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  11
ccattctgtt ctctctggca                                                   20


<210>  12
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  12
aacaccgcag catgtcaa                                                     18


<210>  13
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  13
gcagcatgtc aagatcacag a                                                 21


<210>  14
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  14
ttgtgcagag ttcagttacc ttag                                              24


<210>  15
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  15
gagttcagtt accttaggag atttgag                                           27


<210>  16
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  16
ggcctgtctc aatatcccaa a                                                 21


<210>  17
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  17
gtctcaatat cccaaaccct aaga                                              24


<210>  18
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  18
ggaacttggt ctcaaagatt cca                                               23


<210>  19
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  19
ggtctcaaag attccagaag tcag                                              24


<210>  20
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  20
tctgaattag ctgtatcgtc aagg                                              24


<210>  21
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  21
tatcgtcaag gcactcttgc c                                                 21


<210>  22
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  22
ctgtatttat ttcagtgtta cttacctgtc t                                      31


<210>  23
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  23
agtgttactt acctgtcttg tctt                                              24


<210>  24
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  24
gactgagtac aaactggtgg t                                                 21


<210>  25
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  25
aaactggtgg tggttggag                                                    19


<210>  26
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  26
tttcgtaagt gttactcaag aagc                                              24


<210>  27
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  27
agtgttactc aagaagcaga aagg                                              24


<210>  28
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  28
gcatcagcat ttgactttac cttatca                                           27


<210>  29
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  29
catttgactt taccttatca atgtctcg                                          28


<210>  30
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  30
gcatgctgtt taattgtgtg ga                                                22


<210>  31
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  31
tgtgtggaag atccaatcca ttt                                               23


<210>  32
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  32
ccatagaaat ctagggcctc tt                                                22


<210>  33
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  33
tagggcctct tgtgccttta                                                   20


<210>  34
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  34
ggcctgccct tccaatg                                                      17


<210>  35
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  35
ttccaatgga tccactcac                                                    19


<210>  36
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  36
gcagcctctg gcattct                                                      17


<210>  37
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  37
ggcattctgg gagcttcat                                                    19


<210>  38
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  38
gccaggcatt gaagtctcat                                                   20


<210>  39
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  39
attgaagtct catggaagcc a                                                 21


<210>  40
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  40
ccgtcatgtg ctgtgact                                                     18


<210>  41
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  41
gtgctgtgac tgcttgtaga                                                   20


<210>  42
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  42
ccaaatactc cacacgcaaa t                                                 21


<210>  43
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  43
cacacgcaaa tttccttcca                                                   20


<210>  44
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  44
ggagtcttcc agtgtgatga tg                                                22


<210>  45
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  45
gtgatgatgg tgaggatggg                                                   20


<210>  46
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  46
cacaaacacg cacctcaa                                                     18


<210>  47
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  47
acgcacctca aagctgttc                                                    19


<210>  48
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  48
aactgcaccc ttggtctc                                                     18


<210>  49
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  49
cctccaccgc ttcttgtc                                                     18


<210>  50
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  50
gaaactttcc acttgataag aggtc                                             25


<210>  51
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  51
tgataagagg tcccaagact ta                                                22


<210>  52
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  52
agtagggcca ggaaggg                                                      17


<210>  53
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  53
gggctgaggt cactcac                                                      17


<210>  54
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  54
tgggaggctg tcagtgg                                                      17


<210>  55
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  55
gggaacaaga agtggagaat g                                                 21


<210>  56
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  56
tgcttaggtc cactctctct                                                   20


<210>  57
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  57
gtccactctc tctcttttca gca                                               23


<210>  58
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  58
acaactgttc aaactgatgg ga                                                22


<210>  59
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  59
atgggaccca ctccatcg                                                     18


<210>  60
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  60
ttagtcactg gcagcaacag                                                   20


<210>  61
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  61
ggcagcaaca gtcttacct                                                    19


<210>  62
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  62
tagaggaaga agtcccaacc a                                                 21


<210>  63
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  63
gaagtcccaa ccatgacaag at                                                22


<210>  64
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  64
ctaacaaccc tcctgccatc                                                   20


<210>  65
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  65
ccctcctgcc atcatattga ac                                                22


<210>  66
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  66
actcctcctt tcttccctct                                                   20


<210>  67
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  67
tttcttccct ctctccacca g                                                 21


<210>  68
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  68
ggagcgatga cggaatataa gc                                                22


<210>  69
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  69
ggaatataag ctggtggtgg tg                                                22


<210>  70
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  70
ctcatgtact ggtccctcat tg                                                22


<210>  71
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  71
gtccctcatt gcactgtact c                                                 21


<210>  72
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  72
gtgaaacctg tttgttggac at                                                22


<210>  73
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  73
cctgtttgtt ggacatactg gatac                                             25


<210>  74
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  74
cacggttgcc tactggtt                                                     18


<210>  75
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  75
gttgcctact ggttcaatta cttt                                              24


<210>  76
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  76
gaacagctca aagcaatttc tacac                                             25


<210>  77
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  77
aatttctaca cgagatcctc tctc                                              24


<210>  78
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  78
cgactcccag gtacttccg                                                    19


<210>  79
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  79
tacttccgga acctgtgctc                                                   20


<210>  80
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  80
catgttgcag caattcactg t                                                 21


<210>  81
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  81
caattcactg taaagctgga aagg                                              24


<210>  82
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  82
gggacagcat caaatcatcc a                                                 21


<210>  83
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  83
atcaaatcat ccattgcttg gg                                                22


<210>  84
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  84
gtcacagact tggctgtcc                                                    19


<210>  85
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  85
ttggctgtcc cagaatgc                                                     18


<210>  86
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  86
atcaacccac agctgcac                                                     18


<210>  87
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  87
tgcacagggc aggtctt                                                      17


<210>  88
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  88
ccagctgctc accatcg                                                      17


<210>  89
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  89
tcaccatcgc tatctgagca                                                   20


<210>  90
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  90
tgacaaccac ccttaaccc                                                    19


<210>  91
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  91
cagttgcaaa ccagacctca g                                                 21


<210>  92
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  92
gtgcagggtg gcaagtg                                                      17


<210>  93
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  93
ggcaagtggc tcctgac                                                      17


<210>  94
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  94
cctttcttgc ggagattctc tt                                                22


<210>  95
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  95
cggagattct cttcctctgt g                                                 21


<210>  96
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  96
aaatattctc catccagtgg tttc                                              24


<210>  97
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  97
ccagtggttt cttctttggc t                                                 21


<210>  98
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  98
gggcatcctt gagttccaa                                                    19


<210>  99
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  99
cttgagttcc aaggcctcat                                                   20


<210>  100
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  100
tcaggccctt ctgtcttgaa                                                   20


<210>  101
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  101
ccttctgtct tgaacatgag ttt                                               23


<210>  102

<400>  102
000

<210>  103

<400>  103
000

<210>  104
<211>  33
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  5' adapter oligonucleotide

<400>  104
acactctttc cctacacgac gctcttccga tct                                    33


<210>  105
<211>  33
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  5' adapter oligonucleotide

<400>  105
acactctttc cctacacgac gctcttccga tct                                    33


<210>  106
<211>  32
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  106
gactggagtt cagacgtgtg ctcttccgat ct                                     32


<210>  107

<400>  107
000

<210>  108
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  108
gactggagtt cagacgtgt                                                    19


<210>  109
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  109
acactctttc cctacacgac                                                   20


<210>  110
<211>  58
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Watson second nested gene-specific PCR primer



<220>
<221>  misc_feature
<222>  (30)..(37)
<223>  n at residues 30-37 are an index sequence

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (58)..(58)
<223>  residue 58 is conjugated to a sequence of gene-specific portion of the oligonucleotide


<400>  110
aatgatacgg cgaccaccga gatctacacn nnnnnnncga cgtaaaacga cggccagt         58


<210>  111
<211>  57
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Crick second nested gene-specific PCR primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (25)..(32)
<223>  n at residues 25-32 are an index sequence

<220>
<221>  misc_feature
<222>  (58)..(58)
<223>  residue 58 is conjugated to a sequence of gene-specific portion of the oligonucleotide

<400>  111
caagcagaag acggcatacg agatnnnnnn nncacacagg aaacagctat gaccatg          57


<210>  112
<211>  66
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Watson second nested anchor and indexing primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (25)..(32)
<223>  n at residues 25-32 are an index sequence

<400>  112
caagcagaag acggcatacg agatnnnnnn nngtgactgg agttcagacg tgtgctcttc       60

cgatct                                                                  66


<210>  113
<211>  70
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  Crick second nested anchor and indexing primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (30)..(37)
<223>  n at residues 30-37 are an index sequence

<400>  113
aatgatacgg cgaccaccga gatctacacn nnnnnnnaca ctctttccct acacgacgct       60

cttccgatct                                                              70


<210>  114
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (12)..(19)
<223>  n is a, c, g, or t

<400>  114
gagatctaca cnnnnnnnnc gacgtaaaac gacggccagt                             40


<210>  115
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer

<400>  115
catggtcata gctgtttcct gtgtg                                             25


<210>  116
<211>  45
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide primer


<220>
<221>  misc_feature
<222>  (13)..(20)
<223>  n is a, c, g, or t

<400>  116
ggcatacgag atnnnnnnnn cacacaggaa acagctatga ccatg                       45


<210>  117
<211>  13
<212>  DNA
<213>  Artificial

<220>
<223>  oligonucleotide tag

<400>  117
gccgtcgttt tat                                                          13


