La característica principal del Tratado consiste en que un Estado contratante que permite o exige el depósito de microorganismos a los fines del procedimiento en materia de patentes debe reconocer, a ese efecto, el depósito de un microorganismo en una “autoridad internacional de depósito” con independencia de que dicha autoridad se encuentre dentro o fuera del territorio de dicho Estado.
La divulgación de la invención es una condición que se impone para la concesión de patentes. Esa divulgación se suele llevar a cabo mediante una descripción por escrito. Cuando en una invención interviene un microorganismo o su utilización, no es posible la divulgación por escrito; esta solo puede efectuarse mediante el depósito de una muestra del microorganismo en una institución especializada. En la práctica, el término “microorganismo” se interpreta en un sentido amplio, y abarca el material biológico cuyo depósito es necesario a los fines de la divulgación, en particular en lo que respecta a las invenciones relativas a los ámbitos de la alimentación y la industria farmacéutica.
Con el fin de eliminar la necesidad de un depósito en cada país en que se procura la protección, el Tratado prevé que el depósito del microorganismo en una “autoridad internacional de depósito” es suficiente a los fines del procedimiento de patentes ante las oficinas nacionales de patentes de todos los Estados contratantes y ante cualquier oficina regional de patentes (si esa oficina regional declara que reconoce los efectos del Tratado). La Oficina Europea de Patentes (OEP), la Organización Euroasiática de Patentes (EAPO), la Organización Africana de la Propiedad Intelectual (OAPI) y la Organización Regional Africana de la Propiedad Intelectual (ARIPO) han formulado tal declaración.
Lo que en el Tratado se entiende por "autoridad internacional de depósito" viene a ser una institución científica, por lo general "una colección de cultivos", con capacidad para almacenar microorganismos. Esta institución adquiere la calidad de "autoridad internacional de depósito" cuando el Estado contratante en cuyo territorio se encuentra proporciona seguridades al director general de la OMPI de que reúne y continuará reuniendo determinadas condiciones previstas en el Tratado.
Al 26 de enero de 2023, existían 49 autoridades de esa índole: siete en el Reino Unido; cuatro en la República de Corea; tres en China, la India, los Estados Unidos de América, Italia y Polonia; dos en Australia, España, la Federación de Rusia y el Japón; y una en Alemania, Bélgica, Bulgaria, el Canadá, Chile, Eslovaquia, Finlandia, Francia, Hungría, Letonia, Marruecos, México, Países Bajos, la República Checa y Suiza.
El sistema de patentes del Estado contratante resulta más interesante gracias al Tratado, que es especialmente ventajoso para el depositante si este ha presentado solicitudes de patente en varios Estados contratantes; el depósito de un microorganismo de conformidad con el procedimiento previsto en el Tratado reducirá sus gastos y aumentará su seguridad. Le ahorrará gastos porque en lugar de depositar el microorganismo en cada uno de los Estados contratantes en los que ha presentado una solicitud de patente relacionada con ese microorganismo, bastará con que lo deposite una vez, ante una sola autoridad de depósito. El Tratado aumenta la seguridad del depositante porque establece un sistema uniforme de depósito, reconocimiento y suministro de muestras de microorganismos.
El Tratado no prevé el establecimiento de un presupuesto, pero crea una Unión y una Asamblea cuyos miembros son los Estados que son parte en el Tratado. La tarea principal de la Asamblea es la modificación del Reglamento establecido en virtud del Tratado. No podrá exigirse a ningún Estado el pago de contribuciones a la Oficina Internacional de la OMPI por ser miembro de la Unión de Budapest ni para establecer una "autoridad internacional de depósito".
El Tratado de Budapest se adoptó en 1977.
El Tratado está abierto a los Estados parte en el Convenio de París para la Protección de la Propiedad Industrial (1883). Los instrumentos de ratificación o adhesión deben depositarse ante el director general de la OMPI.