Ce traité se caractérise essentiellement par le fait qu'un État contractant qui autorise ou exige le dépôt de micro-organismes aux fins de la procédure en matière de brevets doit reconnaître, à cet effet, le dépôt d'un micro-organisme auprès de toute "autorité de dépôt internationale", que celle-ci soit située ou non sur son territoire.
La divulgation de l'invention est une condition de délivrance des brevets. Normalement, une invention est divulguée au moyen d'une description écrite. Lorsqu'une invention fait intervenir un micro-organisme ou l'utilisation d'un micro-organisme, la divulgation n'est pas possible sous forme écrite et elle ne peut être effectuée que par le dépôt d'un échantillon du micro-organisme auprès d'une institution spécialisée. En pratique, le terme "micro-organisme" est interprété au sens large et désigne le matériel biologique dont le dépôt est nécessaire aux fins de la divulgation, notamment pour les inventions relevant du domaine de l'alimentation ou du domaine pharmaceutique.
C'est pour éliminer la nécessité d'un dépôt dans chaque pays dans lequel la protection est demandée que le traité prévoit que le dépôt d'un micro-organisme auprès d'une "autorité de dépôt internationale" est suffisant aux fins de la procédure en matière de brevets des offices nationaux de brevets de tous les États contractants ou d'un office régional de brevets (si cet office régional déclare reconnaître les effets du traité). L'Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO), l'Organisation eurasienne des brevets (OEAB), l'Organisation européenne des brevets (OEB) et l'Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) ont fait cette déclaration.
Ce que le traité dénomme "autorité de dépôt internationale" est une institution scientifique – telle qu'une "collection de cultures" – capable de conserver les micro-organismes. Cette institution acquiert le statut d'"autorité de dépôt internationale" lorsque l'État contractant sur le territoire duquel elle est située fournit au Directeur général de l'OMPI des assurances aux termes desquelles elle remplit et continuera de remplir certaines conditions prévues dans le traité.
Le 26 janvier 2023, il y avait 49 autorités de dépôt internationales: sept au Royaume-Uni, quatre en République de Corée, trois en Chine, aux États-Unis d'Amérique, en Inde, en Italie et en Pologne, et, deux en Australie, en Espagne, dans la Fédération de Russie et au Japon, et, une en Allemagne, en Belgique, en Bulgarie, au Canada, au Chili, en Finlande, en France, en Hongrie, en Lettonie, au Maroc, au Mexique, aux Pays-Bas, en République tchèque, en Slovaquie et en Suisse.
Le traité rend le système des brevets plus attrayant car il est principalement avantageux pour le déposant qui a présenté des demandes de brevet dans plusieurs États contractants; le dépôt d'un micro-organisme selon la procédure prévue par le traité lui épargnera des dépenses et lui procurera une plus grande sécurité. Il lui épargnera des dépenses parce qu'au lieu de déposer le micro-organisme dans chacun des États contractants dans lesquels il présente une demande de brevet faisant mention de ce micro-organisme, il lui suffira de le déposer une fois, auprès d'une seule autorité de dépôt. Le traité renforce la sécurité du déposant en instaurant un système uniforme de dépôt, de reconnaissance et de remise d'échantillons de micro-organismes.
Le traité ne prévoit pas l'institution d'un budget mais il crée une union et une assemblée dont sont membres les États qui sont parties au traité. La tâche principale de l'Assemblée est de modifier le règlement d'exécution du traité. Aucun État ne peut être invité à verser des contributions au Bureau international de l'OMPI au titre de son appartenance à l'Union de Budapest ni à créer d'"autorité de dépôt internationale".
Le Traité de Budapest a été conclu en 1977.
Le traité est ouvert aux États parties à la Convention de Paris pour la protection de la propriété industrielle (1883). Les instruments de ratification ou d'adhésion doivent être déposés auprès du Directeur général de l'OMPI.